En épocas remotas, en 1592 se creó el Colegio de San Bartolomé, considerado como el más antiguo del país; la Universidad Javeriana en 1623 por los jesuitas; la Universidad Tomasina en 1639 a cargo de los padres dominicos; el Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario en 1653; y otros colegios en centros urbanos de importancia económica y política, como Tunja, Cartagena, Pamplona, Popayán, Mompox, Antioquia y Honda. El núcleo de la enseñanza de la época fueron las artes, la filosofía y la teología moral, pues la educación que se impartía en estos claustros estaba permeada por el escolasticismo medieval, y tenía como función la legitimación ideológica de la sociedad granadina y sus privilegios de castas.
En la segunda mitad del siglo XIX se crean la Universidad Nacional, fundada en 1867 con las facultades de Jurisprudencia, Medicina, Filosofía, Letras, Ingeniería y la Escuela de Ciencias Naturales. Posteriormente se crea la Universidad de Antioquia en Medellín (1871), mediante la fusión del Colegio Máximo del Estado, el Jardín Botánico y la Biblioteca del Estado, y en 1887 se funda la Escuela de Minas de Medellín. Estos tres centros educativos impulsaron la formación de la clase empresarial moderna en la década de 1870.
Hacia finales del siglo XIX, además de las universidades del Cauca, de Cartagena, de Nariño, Nacional, de Antioquia, Externado de Colombia -clausurada en 1895 y reabierta en 1918- y el Colegio Mayor del Rosario, la educación superior contaba con la Universidad Central, fundada en 1913, y la Universidad Libre, fundada en 1923.
Durante el cuatrienio del Presidente Alfonso López Pumarejo (1934 - 1938), la reforma a la educación superior centró sus esfuerzos en la modernización de la Universidad Nacional, la cual debía irradiar sus resultados a otras universidades. Las modificaciones incluían la autonomía académica y administrativa, la reorganización y agrupamiento de facultades e institutos, la unificación de matriculas, el control de profesores y estudiantes, y la revisión de planes de estudio, bajo la asesoría de pedagogos alemanes. Para 1946, los estudiantes de la Universidad Nacional de Colombia representaban el 65% de la población registrada en universidades públicas y el 50% del total de estudiantes universitarios.
En el período comprendido entre 1938 y 1942, se inaugura la Ciudad Universitaria, sede de la Universidad Nacional de Colombia.
Durante el período presidencial de Rojas Pinilla, se crearon universidades regionales como la del Valle, con una orientación mucho más tecnológica en sus planes de estudio, y se reestructuró en 1955 la Universidad Pedagógica Femenina de Bogotá y la Universidad Pedagógica Masculina de Tunja, las cuales recuperan su carácter mixto, aunque continúan con el modelo inspirado en la pedagogía católica.
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